Plateforme bioinformatique pour les arthropodes des agroécosystèmes

BIPAA est une plateforme dont l’objectif est d’assister les programmes génomiques et post-génomiques développés sur les insectes associés à des agro-écosystèmes, au sein du  Département Santé des Plantes et Environnement INRAE. Elle gère les ressources en appliquant des normes pour garantir l'intégration des données et l'interopérabilité, supporte et améliore les traitements à haut débit mis en place par ses différents partenaires. Outre permettre l’accès aux données, l’utilité principale de BiPAA est de mettre en place un environnement permettant à la plus large communauté possible d'élaborer des analyses génomiques complexes , de parcourir, de combiner ou croiser des données hétérogènes.

BIPAA travaille avec différents laboratoires INRAE dont l’IGEPP et est principalement associée aux réseaux nationaux mis en place sur les pucerons, les lépidoptères, leurs parasitoïdes associés et leurs prédateurs. Elle est aussi impliquée dans des projets internationaux sur le séquençage du génome des insectes tel que i5K.

La plateforme vise à développer des traitements particuliers sur un large panel de «omique» (par exemple, génomique, transcriptomique, épigénomique, methylomique ou protéogénomique) au travers de collaborations fortes avec l’équipe GenScale de l’INRIA dirigée par Dominique Lavenier à Rennes.

L’équipe bénéficie de l’hébergement de la plateforme Genouest, plateforme IBISA, membre de RENABI (Réseaux Français des plateformes bioInformatiques) dirigée par Olivier Collin à l’INRIA de Rennes.

BIPAA a créé et administre deux sites web dédiés aux données génomiques :

• AphidBase
• LepidoDB

Contact

Fabrice.Legeai@inrae.fr

https://www6.inrae.fr/bipaa

Politique d'accès

Les programmes collaborant avec BIPAA sont coordonnés par les deux réseaux français  BAPOA et ADALEP.

Moyens et équipements

Deux ingénieurs à temps plein : Fabrice Legeai et Anthony Bretaudeau.

Equipements : 50 TO dédiés aux fonctions de stockage, 1 serveur 8CPUs pour la base de données, le réseau et les calculs.

Chiffres clé

• La plateforme BIPAA est associée à plus de 10 projets issus des 5 laboratoires qui travaillent actuellement avec la plateforme
• AphidBase : 21 635 visites et  8514 visiteurs en 2011
• LepidoDB : 1070 visites et 386 visiteurs en 2011