Réseaux de régulation d’ARN lors du changement de mode de reproduction chez un insecte ravageur

Ce projet vise à développer une approche de biologie des systèmes appliquée à des données complexes de génomique. Il a pour objectif de construire des réseaux géniques d’interactions afin d’identifier des fonctions (et des éléments fonctionnels du génome) impliquées dans la plasticité phénotypique du mode de reproduction chez un puceron. Le mode de reproduction plastique de ces insectes est l’un  des traits de vie responsable de leur fort caractère d’infestation sur les cultures. Ce projet capitalise sur un grand jeu de données déjà obtenu concernant l’expression et la régulation de 4 grands types d’ARN (ARNm, miARN, piARN, lncARN) dans les embryons de pucerons lors de l’expression de la plasticité phénotypique. L’enjeu est de développer et d’appliquer des méthodes innovantes (centrées sur l’analyse des concepts formels) de construction et visualisation de réseaux, basées sur les interactions déjà prédites entre ces 4 types d’ARN. L’enjeu est de démontrer la force de ces approches prédictives pour l’élaboration d’hypothèses de travail en pointant des ARN candidats afin de sélectionner ceux qui devront être validés en retour par des analyses fonctionnelles. Ce projet s’ancre donc dans les approches de type ENCODE, appliquées aux organismes non-modèles d’intérêt écologique fort (Tagu et al. 2014 BMC Genomics 2014, 15:490).