Profilage métabolique et métabolomique

Nos recherches nous amènent à réaliser des analyses détaillées des processus métaboliques liés à la répartition et la distribution des assimilats carbonés et azotés dans la plante et les ajustements mis en œuvre en réponse aux stress abiotiques. Nos études sont orientées vers des analyses ciblées des métabolites azotés et carbonés provenant des métabolismes primaires ou vers le profilage métabolique non ciblé et des analyses d’empreintes. Ces démarches sont réalisées sur la plateforme analytique P2M2.

1) Analyses ciblées de métabolites primaires C et N

Mesurer l'efficacité de l'utilisation de l’azote et les processus de recyclage des ressources en carbone et en azote dans les parties végétatives et les organes reproducteurs, à la fois dans des conditions de croissance optimale ou de stress abiotiques, nous amène à prêter attention aux profils qualitatifs et quantitatifs des acides aminés libres et protéolytiques, des sucres non structuraux et des acides organiques, des amines et polyamines, des phytohormones,  des acides gras, …

2) Profilage métabolique non ciblée et analyses d'empreintes

La recherche de nouveaux déterminants  effecteurs ou régulateurs de la nutrition carbonée ou azotée, de la tolérance aux stress nutritionnel, hydrique, salin ou thermique, nous amène, à la fois chez le colza oléagineux et chez des espèces modèles apparentées à  Arabidopsis (sp Arabidopsis., Thellungiella sp., Arabis sp.), à développer des approches métaboliques plus complètes via des procédures appropriées de spectroscopie NMR et de spectrométrie de masse. Profilage comparé de métabolites d’Arabidopsis thaliana et de Thellungiella salsuginea (halophila) par GC-MS sous un traitement de doses croissantes de sel (d’après Lugan et al.,2010)

Références

Lugan R., Niogret M.F., Kervazo L., Larher F.L., Kopka J., Bouchereau A., 2009 - Metabolome and water status phenotyping of Arabidopsis under abiotic stress cues reveals new insight into ESK1 function. Plant Cell Env., 32, 95–108.

Lugan R., Niogret MF., Leport L.,  Guégan JP.,  Larher F., Savouré A.,  Kopka J.,  Bouchereau, A., 2010 - Metabolome and water homeostasis analysis of Thellungiella salsuginea suggests that dehydration tolerance is a key response to osmotic stress in this halophyte. Plant J. 64, 215-229. DOI

Renault H., El Amrani A., Berger A., Mouille G., Soubigou-Taconnat L., Bouchereau A., Deleu C., 2013 - γ-Aminobutyric acid transaminase deficiency impairs central carbon metabolism and leads to cell wall defects during salt stress in Arabidopsis roots. Plant Cell Environ. DOI