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Au niveau local, l'équipe travaille en étroite collaboration avec les pathologistes, épidémiologistes, entomologistes, généticiens des populations et écologistes des autres équipes de l'IGEPP, ainsi qu'avec les plateaux techniques de l'IGEPP (CRB-BraCySol, Infrastructures expérimentales, GOGEPP, P2M2) et les unités expérimentales INRAE (UE La Motte, UE RGCO).

Au niveau national, l'équipe a établi des partenariats académiques et socio-économiques de long terme, notamment avec INRAE Dijon (ressources biologiques et génomiques, plateforme au champ), INRAE Avignon (génétique des Solanacées), les plateformes INRAE de séquençage et de génotypage, les réseaux « CRB », « Genius », « groupe d’espèces protéagineux BAP », les sélectionneurs français (GSP, ACVNPT) et les instituts techniques (FN3PT, Terres Inovia, Arvalis Institut du Végétal) des filières protéagineux et pomme de terre. L’équipe co-anime et est fortement impliquée dans l’Unité Mixte Technologique (FN3PT-INRAE) Innoplant2 (www.umt-innoplant.fr) et est impliquée dans le laboratoire commun Terres Inovia-INRAE.

Au niveau international, l'équipe a notamment développé des collaborations franco-américaines de long terme sur les maladies racinaires des légumineuses et des partenariats européens sur la génétique de la pomme de terre.